京都府立大学の佐藤壮一郎講師 (植物ゲノム情報学研究室) らの研究チームは、自然環境中の微生物群集から次世代シーケンス解析によって得られた様々な遺伝子の塩基配列情報を、環境間で比較するための新しい手法 (MPASS法: Metagenomic Phylogeny by Average Sequence Similarity)を開発しました。この方法によって、様々な地域の土壌や水中の微生物群集を比較することで、それぞれの微生物生態系の変遷や周辺環境との関わりを調べることが可能になります。また、本研究で開発されたプログラムは以下のURL (https://github.com/s0sat/MPASS) から利用可能です。
本研究成果は、国際学術誌「PLOS ONE」に掲載されました。
論文タイトル
Phylogeny analysis of whole protein-coding genes in metagenomic data detected an environmental gradient for the microbiota.
doi.org/10.1371/journal.pone.0281288
研究グループ
佐藤 壮一郎 (京都府立大学 農学生命科学科・講師)
田中 励 (京都府立大学 農学生命科学科・卒業生)
横野 牧生 (基礎生物学研究所 環境光生物学研究部門・准教授)
遠藤 大二 (酪農学園大学 獣医学類・教授)
矢吹 哲夫 (北星学園大学 経済学部・教授)
田中 歩 (北海道大学・名誉教授)
本研究は、京都府立大学地域貢献型特別研究（ACTR）、日本生命財団環境問題研究助成、文部科学省科学技術試験研究委託事業「数学アドバンストイノベーションプラットフォーム (AIMaP)」の支援を受けて行われました。
